サーバ設定。Rockeyで
sudo dnf update -y
とすると
Error:
Problem 1: package authselect-1.2.6-3.el9.x86_64 from baseos requires authselect-libs(x86-64) = 1.2.6-3.el9, but none of the providers can be installed
- cannot install the best update candidate for package authselect-1.2.6-2.el9.x86_64
- package authselect-libs-1.2.6-3.el9.x86_64 from baseos is filtered out by exclude filtering
Problem 2: package authselect-compat-1.2.6-3.el9.x86_64 from appstream requires authselect(x86-64) = 1.2.6-3.el9, but none of the providers can be installed
- package authselect-1.2.6-3.el9.x86_64 from baseos requires authselect-libs(x86-64) = 1.2.6-3.el9, but none of the providers can be installed
- cannot install the best update candidate for package authselect-compat-1.2.6-2.el9.x86_64
- package authselect-libs-1.2.6-3.el9.x86_64 from baseos is filtered out by exclude filtering
(try to add '--skip-broken' to skip uninstallable packages or '--nobest' to use not only best candidate packages)
のようなエラーがでる。これは、/etc/dnf/dnf.confに
exclude=ypbind nss_nis yp-tools authselect-libs autofs
と、authselect-libの除外設定があるから。
Rockeyにslurmインストール。最初にソースからインストールしてしまったので話がややこしくなった。素直にdnfを使うべき。
ログインノードでのジョブ投入は成功。計算ノードからつながらない。
$ nc -zv login-node-name 6817
Ncat: Version 7.92 ( https://nmap.org/ncat )
Ncat: No route to host.
ポートが塞がってますね。ログインノードで以下を実行。
sudo firewall-cmd --zone=public --add-port=6817/tcp --permanent
sudo firewall-cmd --zone=public --add-port=6818/tcp --permanent
sudo firewall-cmd --reload
計算ノードは6818をあける必要がある。
sudo firewall-cmd --permanent --add-port=6818/tcp
sudo systemctl restart firewalld
通った(firewalldを再起動忘れて繋がらなかった・・・)。
次はMPI。計算ノードで以下を実行。
sudo dnf install -y openmpi openmpi-devel
パスを通す。/etc/bashrcに以下を追加。
export PATH=/usr/lib64/openmpi/bin:$PATH
PartitionName=default Nodes=ALL Default=YES MaxTime=INFINITE State=UP
としたらエラー。defaultは予約後だそうで。
PartitionName=main Nodes=ALL Default=YES MaxTime=INFINITE State=UP
としたら通った。
PartitionName=main Nodes=ALL Default=YES MaxTime=1-00:00:00 State=UP
と、24時間制限をつけた。
クラスタにlammpsインストール
cd github
git clone -b release --depth 1 https://github.com/lammps/lammps.git
cd lammps
mkdir build
cd build
cmake ../cmake \
-D CMAKE_C_COMPILER=mpicc \
-D CMAKE_CXX_COMPILER=mpicxx \
-D CMAKE_INSTALL_PREFIX=~/usr/local \
-D CMAKE_CXX_FLAGS="-O3 -std=c++11 -fopenmp" \
-D BUILD_MPI=yes \
-D BUILD_OMP=yes \
-D CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS="-O3 -std=c++11 -fopenmp" \
-D PKG_MOLECULE=on
make -j 4
make install
無事にログインノード、計算ノードでlammpsも並列に走った。よし。これで研究室クラスター復活。
・・・疲れたなぁ。