2021年5月

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• 若手奨励賞の申し込みを忘れない(二人分)
• 日本物理学会の申請 5/18〜 6/3

05月31日(月)

すっごい寝た。疲れてた。

レポートの採点を忘れてた。慌てて採点。

物性研スパコン共同利用委員会の出席返した。8/6。

塩漬け論文、解凍した。学会発表できそうかな？明日またメールしてみよう。

理系の大学生が学部卒の方が良いか、大学院まで行ったほうが良いかについて、一般論としては学部卒の年収の方が高いことになっているが、これは「もともと優秀な(高い賃金を得る可能性が高い)人が修士まで進んでいる」というファクターが強く、それを除くと、修士号が賃金に与える影響は小さいようだ。

The Returns to Postgraduate Education

「院卒」「学部卒」を単純に比較してしまうと、理系・文系の差も入ってしまうから面倒っぽいな。

間違いなく言えるのは、修士卒の方が仕事への満足度が高いのは有意らしい。

OS自作もくもく会。C言語からEFIを作ってHello Worldまでいった。Macはいろいろ面倒っぽいな。全部Dockerでやるのが楽だが、OS自作を仮想環境でやるとどこまでがホストでどこがゲストかわからなくなるな・・・。

そうか、DockerでQEMU動かしてOS動かすと、仮想が多段になっちゃうのか。

05月28日(日)

NOP

05月29日(土)

NOP

05月28日(金)

5月が終わってしまう。締め切り書類がたくさんある。がんばらないと。

報告書一つ完了。ウェブから作れるの忘れてた。

なんというか、最近疲れてるのは仕事が多いというよりは、コンテキストスイッチが多いせいだな。長時間同じ仕事をするのはそんなに疲れないが、短時間で次々と仕事をしていくのは非常に疲れる。

05月27日(木)

多分火曜日と水曜日の日記書いたけど、家に置いてきた。も〜。

昨日、ついかっとなって三角関数の話を書いてしまった。そんな暇全然無いんだけど。なんというか、三角関数不要論に限らないけど、世の中を「わかってる人」「わかってない人」にわけて、自分が「わかってる人」に分類されることを確認して安心する、というプロセス、やりたくなる気持ちはわからないではないけど、なんにも生み出さないよ。

ParaViewのハンズオン、動作確認。Pythonまわりの記述が古かったのを修正。

ParaViewを研究室サーバにインストール。ParaView-5.9.1-MPI-Linux-Python3.8-64bit.tar.gzをダウンロード。

cd build
                        tar xvzf ParaView-5.9.1-MPI-Linux-Python3.8-64bit.tar.gz 
                        cd ParaView-5.9.1-MPI-Linux-Python3.8-64bit
                        cd bin
                        ./paraview

$ ./paraview
                        libGL error: No matching fbConfigs or visuals found
                        libGL error: failed to load driver: swrast
                        (   9.209s) [paraview        ]vtkOpenGLRenderWindow.c:471    ERR| vtkXOpenGLRenderWindow (0x14de0490): Unable to find a valid OpenGL 3.2 or later implementation. Please update your video card driver to the latest version. If you are using Mesa please make sure you have version 11.2 or later and make sure your driver in Mesa supports OpenGL 3.2 such as llvmpipe or openswr. If you are on windows and using Microsoft remote desktop note that it only supports OpenGL 3.2 with nvidia quadro cards. You can use other remoting software such as nomachine to avoid this issue.
                        libGL error: No matching fbConfigs or visuals found
                        libGL error: failed to load driver: swrast
                        libGL error: No matching fbConfigs or visuals found
                        libGL error: failed to load driver: swrast
                        (  10.143s) [paraview        ]vtkOpenGLRenderWindow.c:471    ERR| vtkXOpenGLRenderWindow (0x15f6c120): Unable to find a valid OpenGL 3.2 or later implementation. Please update your video card driver to the latest version. If you are using Mesa please make sure you have version 11.2 or later and make sure your driver in Mesa supports OpenGL 3.2 such as llvmpipe or openswr. If you are on windows and using Microsoft remote desktop note that it only supports OpenGL 3.2 with nvidia quadro cards. You can use other remoting software such as nomachine to avoid this issue.
                        
                        Loguru caught a signal: SIGSEGV

SIGSEGVで死んだ。MacのOpenGLのせいかと思ってWSLから接続してもダメ。諦めた方が良いかな？

一応試すか。Qtをインストール・・・しようとしたらログインを要求された。なんかも〜。

M1 Macに普通に入ったっぽいので、DockerやLinuxインストールはやめ。普通にハンズオンできた。良かった。

05月26日(水)

最近、また「三角関数不要論」が話題になっている。三角関数なんて「役に立つ」数学の最右翼なので、これについて今更「いや役に立つ」と主張する気はないんだけれど、こういうのが話題になる度に、「三角関数不要論者」を馬鹿にする論調が出てくるのが目立つ。なんというか、「私はわかってる(そっち側ではない)」ということを主張するために、「不要論者」を不必要に馬鹿にする雰囲気が出てきて、それを見たら当然態度を頑なにすると思うんだけど……

05月25日(火)

体が重い。

物理情報工学特別講義のレポートの感想、講師に送った。

HPC未踏、動き出した気がする。

うーん、例えばSNSである人が「タキオンシール買いました。肩こりがよくなった気がします」と書いたとする。これに対して、「ノーベル賞級の発見ですね」「早く学会で報告を」「ストックホルムで会いましょう」的な「煽り」をしたとする。この人はどう思うか？大きく分けて二つの選択肢をとると予想される。一つは自分が間違っていた、アホなことをしたと反省すること。もう一つは、タキオンは既に発見されているが、既存の物理学の枠組みが壊れることを恐れた既得権益者たちの陰謀により隠蔽されており、これらの「煽り」はその陰謀による隠蔽工作であると考えること。これ、有名人であればあるほど、陰謀論に走りやすい気がする。やはり、そういう攻撃をされた時に、自分の心を守らなければならないから。

何か人が明らかに間違っていることを言った/書いた時に、それを指摘するのは問題ないと思う。ただ、指摘の仕方によっては、相手は殻に閉じこもる。当然のことながら、それは指摘した人の本意ではないはず。大事なことは「正しいことをいうこと」ではなく「正しい方向に世の中が動くこと」のはず。

大学院講義の時間割調べないと。

05月24日(月)

木曜日から日記が止まっていた。今は「date + tab」で当日のヘッダを出すスニペットにしてるけど、もう「最後に書いた日記の日付から連番でヘッダを出力する」スニペットを作ろうかなぁ。

富岳のオンライン対面認証した。あとは誓約書か。

物理情報工学特別講義の動画編集した。そろそろiMovieだと苦しい気がするが、ギリギリいけてるので新しいソフトを導入するのも腰が重い。どうしたもんか。

物理情報工学特別講義のレポート採点した。 Dockerに行ってみた。DockerHubで、適当なタブをpull。したが、なんか実行できない。M1 Macの人も実行できたっぽいので諦め。

05月23日(日)

NOP

05月22日(土)

NOP

05月21日(金)

1on1ミーティング。

実験レポート採点。

物理情報工学特別講義。

スパコンによる大規模分子動力学計算の現状という雑文を書いた。

05月20日(木)

実験レポート採点。昨日やらなきゃいけなかったが忙しかったんですよ(言い訳)。

ハンズオン。今日はPBS。

Zennの記事を書こうとしたらライブラリに文句を言われた。

$ npx zenn new:article --slug large-scale-hpc
                        dyld: Library not loaded: /usr/local/opt/icu4c/lib/libicui18n.68.dylib
                          Referenced from: /usr/local/bin/node
                          Reason: image not found
                        zsh: abort      npx zenn new:article --slug large-scale-hpc

またか。

brew reinstall npm

これでちゃんと動いた。なんかMac使いづらくなったなぁ。

学生さんの物理学会での発表の件、手配した。自分も発表したいのだが、準備できるだろうか。

富岳の対面認証用の書類とか作ったらえっらい時間かかった。全員分の写真付き身分証を整理するだけなんだけど。

遠隔対面認証はBlueJeansを使うそうなので、ダウンロードしてテストサイトで確認。オウム返しのオウムがかわいい。

05月19日(水)

二つ論文の査読依頼がきて「うへぇ」ってなったんだけど、一つはよく見る論文誌なのですぐに引き受けたが、もう一つはよく知らない論文誌。通常のArticleなのに締切が一週間。おかしいと思って調べたらやはりハゲタカ。まともな論文誌もあるらしいが、一度引き受けてしまうと面倒らしいのでこっちは断った。

「メスシリンダー」「メスフラスコ」「メスピペット」って、なんで「メス」がつくんだろうと思ったら、これ、ドイツ語由来らしい。ドイツ語で「測る」という意味のmessenから、「mess」が接頭語とのこと。へぇ〜。

会議がいっぱい。

物理情報工学特別講義のビデオ公開した。

共著者さんが新しい論文を投稿→arXiv:2105.07590

分子動力学法でシリンダーを通り過ぎる流れをシミュレーションしたもので、高分子の影響により気泡生成が抑制されることを確認。浅野さんのていねいな、良い仕事。

明日のハンズオンの準備した。少し修正。

Pythonの記述、pipを使うところをpython3 -m pipにすべて修正すべきだな。あと、Anaconda使うのやめよう。

重い腰をあげて、ようやく富岳の対面認証申し込んだ。わかってしまえば手続き自体は簡単なんだけど、読むべきドキュメントが多くて全容を把握するのが難しい。

05月18日(火)

WSL2をすべてアップデートしたら学校のマシンでもできた。Macだとディスクイメージが作れないっぽい。WSL2で作ったイメージをロードしたらできた。あとでディスクユーティリティで

mkdir -p /Volumes/MIKAN\ OS/EFI/BOOT
                        cp BOOTX64.EFI /Volumes/MIKAN\ OS/EFI/BOOT
                        diskutil unmount /Volumes/MIKAN\ OS

としてアンマウントすると中身がおかしくなる？Finderからアンマウントすると大丈夫。どういうこっちゃ？

あと、dosfstoolsを入れたあと、mkfs.fatにデフォルトでパスが通らないの、なぜなんだぜ？

05月17日(月)

共沸について詳しい資料を見つけた。関西化学機械制作株式会社の技術情報(図書) - 蒸留とは。こういうの本当に助かるんだけど、いったい誰が書いているんだろう？業務として書いてるのかな？それとも半分趣味？

なんかまたTwitterのつぶやきを使わせてくれという連絡。毎回「こんなに反響があってどんな気持ちですか？」って聞かれるんだけど、その、わりとバズって取材受けてるんで、なんとも思ってません・・・(でも大人なのでそれっぽいこと答えたけど)。

本棚入った。入り口に「オンライン会議中」の札をかけていたので業者が入れなかったようだ。申し訳ないことをした。

物情特別講義の編集終わった。動画保存中、PCが重くなるのがしんどいなぁ。いや、その間隣のノートで作業すれば良いんだけれど、どうもコンテキストスイッチが苦手だ。

OS自作もくもく会。なぜかQEMUでHello, worldが出ない。家に帰って試したらできた。

05月16日(日)

物理数学テストゼミ、第六回まで作ってpushしたが、GitHub Pagesのビルドに失敗。Jekyllが悪いのかと思って.nojekyllを入れたがダメ。調べたら、GitHub ActionとPagesにトラブルが合った模様。最近、GitHub Actionを使って不正にマイニングする不届き者がいるらしいんで、それが原因かなぁ。

05月15日(土)

05月14日(金)

ハンズオンの資料とかを、それで助かる人がいればいいなって思って公開してるんだけど、なんか「今更こんなもの使わないだろ」とか「変な癖の人を増やすな」みたいなコメントつくと悲しいなぁ。気にするなと言われればそうなんだけど、悲しいものは悲しい。「悪貨を駆逐する」と活動している人、自分は良貨を提供しているんだろうか？

物理情報工学特別講義。組み込み系の話。最近は機器の接続がシリアル通信ではなく産業用イーサネットになっているらしい。そもそもRS-232Cがだいぶバージョンアップされて、RS422、RS485という規格が出ているとのこと。へぇ。

05月15日(木)

木曜日の記述が飛んでた。そりゃそうか。午前ミーティング、ハンズオン、ミーティング、輪講と続く、忙しい日だから。 途中で物情特別講義のレポートの採点もしてた。

05月12日(水)

物理情報工学特別講義の接続テストした。事前テストしてよかった。

というわけで車輪の再開発記事ZshでプロンプトにGitリポジトリの情報を表示するを公開したら、Powerlevel10kというのを教えていただいた。なんかプロンプトがかっちょいい。

こういう自作系記事を書いた時、「○○使わないの？」みたいな揶揄をする人が結構いてアレなんだけど、こういう「自作も良いけどこれもおすすめです」みたいなコメントはうれしいなぁ。

brew install make imagemagick

sudo apt-get update
                        sudo apt install -y make build-essential imagemagick
                        sudo apt-get install python3-pip

python3 -m pip install --upgrade pip
                        python3 -m pip install numpy matplotlib

上記あたり、lab_startupに入れないとな。

だめだ。うちのWSL2のUbuntuでimagemagickがインストールできず、404になる。おそらく18.04から20.04にアップグレードしたせいだ。

いろいろやったが、最終的にキャッシュを消したらうまくいった。

cd /var/lib/apt
                        sudo mv lists lists.org
                        sudo apt-update

やれやれだ。

次、WSL2でJupyter Notebook。

sudo apt install -y jupyter-notebook

WSL2の時間がまたずれた。

sudo hwclock -s

でなおった。.zshrcに入れるべきか。

Powerlevel10k、試してみたが、残念ながらデフォルトではSubversionに対応していないようだ。p9kの機能は使えるとのこと。とりあえず使うのは見送り。使うには以下を.zshrcに入れること。

source ~/powerlevel10k/powerlevel10k.zsh-theme
                        
                        # To customize prompt, run `p10k configure` or edit ~/.p10k.zsh.
                        [[ ! -f ~/.p10k.zsh ]] || source ~/.p10k.zsh

lab_startupのPython設定書いた。28日漬け込んだissueを閉じたぞ。

実験のレポートを採点した。

05月11日(火)

昨日間に合わなかった動画編集して公開した。

Gitのリポジトリ状態をプロンプトに表示する記事、やっぱり書こう。「車輪の再開発」をバカにされることを恐れるなんて僕らしくない。ちょっと気持ちが萎えていた。無知を恐れず、やったことはどんどん公開し、バカにする人にはさせておけばいいんだ。

論文執筆用のリポジトリ作って共著者招待した。自分の論文が放ってあるなぁ。

05月10日(月)

というわけで日記merge。さらに職場でもpush忘れ防止プロンプト利用。

push忘れはgit status -bを使う。

以下、再チェックが必要。

上流ブランチなし。

$ git status -sb
                        ## main

未プッシュなし、未コミットあり。

$ git status -sb
                         M log/d202105.md

↓コミット

未プッシュあり、未コミットなし。

$ git status -sb
                        ## main...origin/main [ahead 1]

↓プッシュ

未プッシュなし、未コミットなし。

$ git status -sb
                        ## main...origin/main

多分これだけで未プッシュコミットがあるか確認できる気がするが、念の為git logで未プッシュログがあるかどうかを確認している。

git log origin/main..main

この表示があるかないかで未プッシュコミットがあるかどうか調べることができる。これ、やっぱりいらん気がするな。

05月09日(日)

Gitのpush忘れ防止スクリプトを追加した。記事にしようかと思ったけど、これ、全部シェルスクリプトで自前で書いてるんだよね。「なんでgit prompt使わないの？」「 vcs_info使えば？」と言われそうだから止めよう。

物理数学、第四回まで。途中でVSCode+Markdown+Mathのバグを踏んだので時間がかかった。

05月08日(土)

また日記のpush忘れ・・・。木金分は後でmergeですな。真面目にpushしたかどうかの状態表示をつけることを考えよう。

自動車税払った。Yahoo公金支払い便利。納税証明書は電子化され、紙では発行されないとのこと。

自動車税の住所変更した。これで来年から新住所に送られるはず。

push忘れ防止機能つけた。以下は覚え書き。

name=`git symbolic-ref HEAD 2> /dev/null | sed -e "s/refs\/heads\///g" `
                        upstream=`git status -sb | grep -E "## .*\.\.\." | sed -e "s/^##.*\.\.\.//"`
                        if [[ -z $upstream ]]; then
                          echo "We do not have an upstream branch."
                        else
                          if [[ -z `git log ${upstream}..${name}` ]]; then
                            echo "Already pushed"
                          else
                            echo "We have unpushed commits."
                          fi
                        fi

05月07日(金)

本当は良くないらしいが、sudo pip3ですべてのユーザにインストール。

sudo yum install -y python3
                        sudo python3 -m pip install --upgrade pip
                        sudo /usr/local/bin/pip3 --no-warn-script-location install numpy pandas matplotlib h5py tensorflow

やっぱりメールに比べてSlackの方がコミュニケーションが圧倒的に早いよな。なにか聞いて、回答があった時、メールだと「○○です。回答をありがとうございます。この内容で○○させていただきます。どうぞよろしくお願いします」的なことを書くけど、Slackだとお辞儀マーク一個つけておしまい。

LinuxとRubyのデュアルコミッタがどのくらいレアか調べたい。Linuxのcontributerは2017年で15637人。RubyはGitHub上でのcontributerが336人。Rubyはすぐにリストを作れそうだが、Linuxは難しそうだなぁ。

05月06日(木)

みかん本(ゼロからのOS自作入門、内田公太著)届いた。思ったより分厚い。

物理情報工学科特別講義、動画編集してアップロードした。

Twitterで未踏の思い出についてつぶやいた。僕が未踏をやったのはD1の頃で、当時研究室に入ってきたばかりのM1君が研究室MLに「今年から未踏ユースというものが始まるらしいのですが、誰か一緒にやりませんか？」と投げたのを受けて僕が応じ、もうひとりのM1を誘って応募、採択されたというもの。そしたらなんと、その誘ってくれた当時M1の学生さんから返信が。何年ぶりだろう？卒業してすぐにベンチャーに就職して渡米し、あとはずっとアメリカにいたはず。

05月05日(水)

NOP

名大でやった物理数学テストゼミ、問題だけサルベージ。

あ、レポートの締め切りは明日か。今日だと思ってた。

05月04日(火)

tldrというコマンドを知った。manの表示をわかりやすくしてくれる。Macならbrewで入る。sshの説明ならこう。

$ tldr ssh
                        
                        ssh
                        
                        Secure Shell is a protocol used to securely log onto remote systems.
                        It can be used for logging or executing commands on a remote server.
                        
                        - Connect to a remote server:
                            ssh username@remote_host
                        
                        - Connect to a remote server with a specific identity (private key):
                            ssh -i path/to/key_file username@remote_host
                        
                        - Connect to a remote server using a specific port:
                            ssh username@remote_host -p 2222
                        
                        - Run a command on a remote server:
                            ssh remote_host command -with -flags
                        
                        - SSH tunneling: Dynamic port forwarding (SOCKS proxy on localhost:1080):
                            ssh -D 1080 username@remote_host
                        
                        - SSH tunneling: Forward a specific port (localhost:9999 to example.org:80) along with disabling pseudo-[t]ty allocation and executio[n] of remote commands:
                            ssh -L 9999:example.org:80 -N -T username@remote_host
                        
                        - SSH jumping: Connect through a jumphost to a remote server (Multiple jump hops may be specified separated by comma characters):
                            ssh -J username@jump_host username@remote_host
                        
                        - Agent forwarding: Forward the authentication information to the remote machine (see `man ssh_config` for available options):
                            ssh -A username@remote_host

おお、わかりやすい。

基礎実験。

物性研スパコンハンズオン、資料を作ったぞ。すげー時間かかった。

05月03日(月)

NOP

なんかテレビをつけると、レポーターが待ち行く人に「本当に必要な外出ですか？」って詰めてて、僕は溜息をひとつついてNetflixをつけるんだ。

05月02日(日)

NOP

物性研の報告書送った。締め切りを過ぎたのは、記憶にある限り初めて。いかんなぁ。忘れてるだけでもっとあるかもしれんけど。

05月01日(土)

NOP

もう5月なの？マジで？