2024年4月
04月30日(火)
論文がもう公開された。早いなぁ。
朝と晩に会議。あとは1on1とか。講義準備を少しだけ進めた。明日一気に進める(←こういうのは駄目だとできる研究者の論文生産術に書いてある)。
04月29日(月)
シミュレーション工学第3回。次回は新しい内容にする予定(いつスライド作るの？)。
論文投稿した。素晴らしい。
04月28日(日)
NOP
04月27日(土)
NOP
04月26日(金)
久しぶりに会う人に会った。
04月25日(木)
WordPressまた落ちた。
2024-04-25 09:00:01, 2-23:33:52 4.9 101348 1168548
2024-04-25 10:00:01, 3-00:33:52 4.9 101396 1168548
2024-04-25 11:00:01,うーん、5%のところで死んだ？
MariaDB [(none)]> SHOW VARIABLES LIKE 'innodb_buffer_pool_size';
+-------------------------+-----------+
| Variable_name | Value |
+-------------------------+-----------+
| innodb_buffer_pool_size | 134217728 |
+-------------------------+-----------+
1 row in set (0.00 sec)起動しようとしてinnodb_buffer_pool_sizeを128MB分確保しようとして足りなかったっぽい。
ついでに研究室ウェブにSNSシェアボタンがついてたり投稿者表示がついていたりしたので消した。データベースがおかしくなっているっぽい。怖いなぁ。
ハンズオン。多要素認証について。LastPassがびみょいのだけれど、どうするかなぁ。
ワゴン届いた。鍵のかかるワゴンに機密書類が入りきらなくなったので。なんだかなぁ。
研究室ミーティング。
FS報告会に向けてZoomの大規模ミーティングについて調べた。大規模ミーティングアドオンというライセンスを購入すれば90ドル/月で1000人のミーティングを実施できるが、Zoomワークスペースのオーナーでなければ購入できないため、慶應のライセンスでは追加購入できない(僕はライセンスユーザーであってワークスペースオーナーでないため)。ワークスペースはPro以上であれば良いらしいので、個人でProを契約(13.32\()＋大規模ミーティングアドオン購入(90\))で行けそうだな。
……ということを調べるのに結構時間がかかってしまった。講義の準備ができないぞ。
全く頭が回っていないぞ。
04月24日(水)
来客3名。
物性研の成果報告書書いた。頭が全く回っておらず、A4一枚書くのにどえらく時間がかかってしまった。
04月23日(火)
Pythonでリアルタイムに2Dグラフィックを描画する方法を調べた(ChatGPTに聞いた)。いろいろあるが、Qtが良さそう。
PyQt6とPySide2というものがあるが、Google Trendsで調べたところ、PyQt6のほうがメジャーっぽいのでそれでいく。
mkdir pyqt_sample
cd pyqt_sample
source myenv/bin/activate
python3 -m pip install --upgrade pip
python3 -m pip install pyqt6まずはここにあるサンプルで線が引けることを確認した。Qtをほとんど使ったことがないので、アニメーションの方法がまだよくわからない。
mysqld(MariaDB)のメモリ消費をモニタしてから1日。順調に増え続けている。調べてみたら、MySQLのメモリリークはわりと問題になるらしい。table_definition_cacheを小さくすれば良いかも、とのこと。
まず、ログイン名とパスワードはwp-config.phpにDB_USER, DB_PASSWORDとして記述されている。このユーザ名とパスワードを使って、
mysql -u root -p としてログイン。table_definition_cacheを表示。
Welcome to the MariaDB monitor. Commands end with ; or \g.
Your MariaDB connection id is 1552
Server version: 5.5.68-MariaDB MariaDB Server
Copyright (c) 2000, 2018, Oracle, MariaDB Corporation Ab and others.
Type 'help;' or '\h' for help. Type '\c' to clear the current input statement.
MariaDB [(none)]> SHOW VARIABLES LIKE 'table_definition_cache';
+------------------------+-------+
| Variable_name | Value |
+------------------------+-------+
| table_definition_cache | 400 |
+------------------------+-------+
1 row in set (0.00 sec)
MariaDB [(none)]> exit
Byeうーん、400と、あまり大きくなかった。
最悪、cronで毎週mysqldをリスタートとかかなぁ。アドホックだなぁ。もう少し様子見。
科研費の報告書(F-6-1とF-7-1)書いてオンラインで提出。
FSのSlackの立て替え払い、システムから出してみた。これで行けたら毎月で良いかな。
研究室Wikiの情報を整理した。もうGitHubのプライベートページに移行したい。
mysqldのメモリ消費、単調増加ではあるけど、現在5%弱で、1日で最大メモリの0.1%とかなので、1ヶ月のオーダーでメモリ不足になる可能性は低そう。編集とかで急増したり？謎。
04月22日(月)
また研究室サーバが落ちた。ChatGPTに聞いたらmytopかhtopで監視しろ、ということなので、まずはhtopを入れてみる。
sudo yum install htopPIDを指定してメモリ使用量を取得するコマンドとpidofを組み合わせて、mysqldの利用メモリを取得。
ps -p ` pidof mysqld` -o %mem,rss,vsz elapsed timeも表示しよう。
$ ps -p ` pidof mysqld` -o etime -o %mem,rss,vsz
01:16:57 4.6 95876 1102716結局こんなシェルスクリプトを書いてcrontabに仕込んだ。
#/usr/bin/bash
DATE=`date +"%Y-%m-%d %H:%M:%S"`
MYSQLPID=`pidof mysqld`
PID=`ps -h -p $MYSQLPID -o etime -o %mem,rss,vsz`
echo $DATE, $PID >> /home/watanabe/log/psmysqld.logおっとpidofが見つからないというメールが飛んできた。
#/usr/bin/bash
DATE=`date +"%Y-%m-%d %H:%M:%S"`
MYSQLPID=`/usr/sbin/pidof mysqld`
PID=`ps -h -p $MYSQLPID -o etime -o %mem,rss,vsz`
echo $DATE, $PID >> /home/watanabe/log/psmysqld.logこれでOKっぽい。とりあえず5分おきで動いたことを確認してから毎時間に変更。
$ cat psmysqld.log
date elapsed %MEM RSS VSZ
2024-04-22 11:05:01, 01:38:52 4.6 95936 1102716
2024-04-22 11:10:01, 01:43:52 4.6 95936 1102716
2024-04-22 11:15:01, 01:48:52 4.6 95936 1102716
2024-04-22 11:20:01, 01:53:51 4.6 95984 1102716
2024-04-22 11:25:01, 01:58:51 4.6 95984 1102716
2024-04-22 11:30:01, 02:03:51 4.6 95984 1102716
2024-04-22 12:00:01, 02:33:51 4.6 96164 1102716できてるな。最初から%MEMが4.6なのが気になる。とりあえずはこれでしばらく様子見。
$ cat psmysqld.log
date elapsed %MEM RSS VSZ
2024-04-22 11:05:01, 01:38:52 4.6 95936 1102716
2024-04-22 11:10:01, 01:43:52 4.6 95936 1102716
2024-04-22 11:15:01, 01:48:52 4.6 95936 1102716
2024-04-22 11:20:01, 01:53:51 4.6 95984 1102716
2024-04-22 11:25:01, 01:58:51 4.6 95984 1102716
2024-04-22 11:30:01, 02:03:51 4.6 95984 1102716
2024-04-22 12:00:01, 02:33:51 4.6 96164 1102716
2024-04-22 13:00:01, 03:33:51 4.7 96400 1102716
2024-04-22 14:00:01, 04:33:52 4.7 96544 1102716
2024-04-22 15:00:01, 05:33:52 4.7 96944 1168548
2024-04-22 16:00:01, 06:33:51 4.7 97000 1168548
2024-04-22 17:00:01, 07:33:51 4.7 97252 1168548
2024-04-22 18:00:01, 08:33:51 4.7 97284 1168548なんかちょっとずつ増えてるのがいやな感じだな。
Windowsのディスクを使い切りそうだった。いろいろ消したがなかなか容量が増えなかったので、TeXLiveを消した。
04月21日(日)
似田貝先生の追悼記念研究会。高等研で集まった様々な分野の研究者による発表。
社会学者である清水亮先生の発表と西森さんのアリの話が面白かった。
04月20日(土)
ようやく活動開始、みたいな。
新しい名刺届いた。なんか説明がウェブから消えてたので本当に注文できたか心配だったのだが、ちゃんと届いて良かった。
古い名刺が大量に余ってるんだけどどうしよう。引きこもり生活がバレてしまう。
Slackの建て替えをしようとしたら、まだカードからの請求が来てなかった。面倒だ。ただ、今年から紙でやらなくて良くなったはず。
メール処理。まだ追いついてない。
04月19日(金)
頭痛がひどい。
Adobe ELTAライセンスの継続、廃止、新規の申請をした。
ねんきんネットとマイナポータル接続した。また、年金定期便のペーパーレス化した。
頭がぼーっとしてるなか、大量にメールが飛んできて、予定のやりくりしてたらバッティングした。いかん。
体調が悪く、全く仕事ができない。
04月18日(木)
ハンズオン。今日はgnuplot。
研究室ミーティング。輪講。
柔道部の公認申請した。
04月17日(水)
会議。
学生の志望理由書なんとか添削終了。
シミュレーション工学の講義の修正、数理物理の講義完成、論文の投稿、いろいろやることが山積みだが、それ以外にもなんか研究会の手配とかいろいろあって嫌になっちゃう。
04月16日(火)
学生の志望理由書を添削。
04月15日(月)
講義は休講に。あとでオンデマンド配信するしかない。
学生の志望理由書を添削。
04月14日(日)
発熱。この忙しい時に・・・！
でもまあ、4月に入ってから相当無理していた自覚はあるので、倒れるのは想定内か。
やっぱり無理しちゃいかんのだよね。
04月13日(土)
NOP
なんか調子がわるい。
04月12日(金)
1on1とか。
柔道部の面談。
この一週間何をやってたか忘れたので、Todoistのタスクを見て確認したりとか。
シミュレーション工学の感想返事。スライドも修正。
名刺発注した。
04月11日(木)
研究室ミーティング。
04月10日(水)
お仕事。
サーバがまた「データベース接続エラー」で死んだ。mariadbを再起動したが復活しない。焦ったが、ログインしてたのがウェブサーバではなく計算サーバだった。どうりでログに何もないと思った。前もやったなこれ。
またメモリ不足らしいんだけど、本格的に原因究明＋対策したほうがいいんだろうか？たいしてメモリ使わないはずんだけど、なんか攻撃でもうけたか？
とある会を欠席。大変申し訳無い。
04月09日(火)
いろいろお仕事。1on1とか。
タスクログによると、学生さんの論文を確認していたらしい。
04月08日(月)
sshfsのインストール。WSL
sudo apt -y update
sudo apt -y install sshfsMac。
brew install sshfsマウント。
sshfs username@watanabe-login.appi.keio.ac.jp:path/to/dir ~/somedirWSLでのアンマウント。
fusermount -u ~/somedirMacでのアンマウント。
diskutil unmount somedirなんかVSCodeのMarkdown Previewが変わってて見づらい。元に戻したい。
板書講義の録画用機材メモ。
- 人を追尾するWebカメラ(OBSBOT tinyかそれ系)
- ワイヤレスマイク（RODE wireless go + ピンマイク）
なんか普通に買うと10万以上するなぁ。これをつないでOBS Studioで録画し、編集してアップロードとか？
04月08日(日)
NOP
04月06日(土)
NOP
日記のビルドに失敗したという連絡。どうもタイトルの# 2024年4月をつけ忘れたせいで、makefileの
docs/%.html: log/%.md
TITLE=$(shell head -1 $< | sed -e '1 s/^# \(.*\)$$/\1/g'); pandoc -s $< -o $@ $(PANDOC_HTMLOPT) --metadata pagetitle=$$TITLEというコマンドが、
TITLE=## [04月02日(火)](#02) <a id="02"></a>; pandoc -s log/d202404.md -o docs/d202404.html --mathjax -t html --template=template --metadata pagetitle=$TITLE
/bin/sh: 1: Syntax error: "(" unexpectedとなり、カッコ対応がおかしくなったせいだった。ローカルではうまくいくのだが、シェルの違いか？
04月05日(金)
サイトに卒業式、学位授与式の情報を追加。ついでにウェブサイトのCocoonの設定をいろいろ変更。
懸案だった「過去のお知らせ一覧」を表示できるようにした。まず、URLとしてはhttps://www.calc.appi.keio.ac.jp/category/news/でお知らせ一覧が表示できる。これをサイドバーにいれる。
方法はCocoon設定ではなく「外観」「カスタマイズ」「ウィジェット」「サイドバー」。そこに
[showwhatsnew]とあるのを、
[showwhatsnew]
もっと見るにして、「もっと見る」からhttps://www.calc.appi.keio.ac.jp/category/news/にリンクをはった。
latexindentが動かない。
$ latexindent
Can't locate File/HomeDir.pm in @INC (you may need to install the File::HomeDir module) (@INC contains: /usr/local/texlive/2022/texmf-dist/scripts/latexindent /Library/Perl/5.34/darwin-thread-multi-2level /Library/Perl/5.34 /Network/Library/Perl/5.34/darwin-thread-multi-2level /Network/Library/Perl/5.34 /Library/Perl/Updates/5.34.1 /System/Library/Perl/5.34/darwin-thread-multi-2level /System/Library/Perl/5.34 /System/Library/Perl/Extras/5.34/darwin-thread-multi-2level /System/Library/Perl/Extras/5.34) at /usr/local/texlive/2022/texmf-dist/scripts/latexindent/LatexIndent/GetYamlSettings.pm line 24.
BEGIN failed--compilation aborted at /usr/local/texlive/2022/texmf-dist/scripts/latexindent/LatexIndent/GetYamlSettings.pm line 24.
Compilation failed in require at /usr/local/texlive/2022/texmf-dist/scripts/latexindent/LatexIndent/Verbatim.pm line 23.
BEGIN failed--compilation aborted at /usr/local/texlive/2022/texmf-dist/scripts/latexindent/LatexIndent/Verbatim.pm line 23.
Compilation failed in require at /usr/local/texlive/2022/texmf-dist/scripts/latexindent/LatexIndent/Lines.pm line 23.
BEGIN failed--compilation aborted at /usr/local/texlive/2022/texmf-dist/scripts/latexindent/LatexIndent/Lines.pm line 23.
Compilation failed in require at /usr/local/texlive/2022/texmf-dist/scripts/latexindent/LatexIndent/Document.pm line 30.
BEGIN failed--compilation aborted at /usr/local/texlive/2022/texmf-dist/scripts/latexindent/LatexIndent/Document.pm line 30.
Compilation failed in require at /usr/local/bin/latexindent line 27.
BEGIN failed--compilation aborted at /usr/local/bin/latexindent line 27.ここを参考に設定してみる。
brew install perl
brew install cpanm
cpanm Log::Log4perl Log::Dispatch::File YAML::Tiny File::HomeDir Unicode::GCStringlatexindentがエラーを出さなくなった。VSCodeもlatexindentがそのまま通るようになった。
春季安全教育提出した。
就任なんとか計画出した。
今日はタスク9個終わらせたが2個終わらなかった。
04月04日(木)
今日発表の輪講の準備が終わった。直前過ぎる。
自作Pythonパッケージのインストールに失敗。setup.pyに標準パッケージであるloggingを入れたのが原因。無関係のloggingを入れようとしてバグったらしい。標準パッケージと同じ名前の別のパッケージがあるの、すごく嫌な感じだな。Python2のパッケージがPython3で標準に入ったとか？
ChatGPTに聞いてみた。
「PythonのloggingパッケージはPython2から標準パッケージでしたか？」 PythonのloggingパッケージはPython 2.3で標準ライブラリとして導入されました。これは2003年にリリースされたバージョンです。その前は、loggingモジュールは外部ライブラリとして利用可能でしたが、Pythonの標準ライブラリには含まれていませんでした。したがって、Python 2.3以降、loggingはPythonの標準パッケージとなっています。
なるほど。
シミュレーション工学のページ作った。
04月03日(水)
会議。yaml_cvを使っている人に挨拶された。自分のコードが人の役に立つとうれしい。
04月02日(火)
疲れが残っている。
僕の学位取得年月日は2004年3月25日。なんか必要だったので学位記を引っ張り出した。この情報、10年に一度くらい必要になるんだけど、researchmapとかORC-IDとかで公開できないもんかな。
久しぶりにresearchmapにログインしたら、英語所属が名古屋大学になってた。久しぶりすぎた。
指導委託の書類送付。
研究室所属学生＋利用室提出。
昨日の疲れが残っている中作業しているのでミスが目立つし、そもそも効率が非常に悪い。
ImageMagickのコマンド群の一つidentifyを初めて知った。こんな感じに使う。
$ identify test.jpg
test.jpg JPEG 3840x2160 3840x2160+0+0 8-bit sRGB 388362B 0.000u 0:00.002format文字列が指定できる。いろいろ自動処理に使えそう。Awkと組み合わせるとか。
$ identify -format "%w %h\n" test.jpg
3840 2160気になってちゃんと調べたら、ImageMagickのコマンドはconvert, mogrity, indentify, montage, composite, displayの6つらしい。思ったより少なかった。
今調べたら、全部magickというコマンドから呼び出せる形になってる。magickは2016年にリリースされたバージョン7から導入され、convertは後方互換性のために残されてるとか、そういう位置づけっぽい。知らなかった。
8年も前の変更を知らずに生きていたのか。どんどん世界に取り残されているなぁ・・・
物性研スパコンのジョブ投入権更新＋新規追加。
輪講の準備。一節できなかった。明日か明後日できるか？
04月01日(月)
NOP
新年度が始まってしまった。