2024年5月

05月31日(金)

ミーティングで線形安定性解析の説明を毎回している気がして、簡単な解説を書こうと思ってるんだけど、常微分方程式の場合はいいんだけど、偏微分方程式で良い例がないんだよなぁ。

来週の記念講演のスライド作った。講義の準備ができていない。

05月30日(木)

輪講。結構この本難しいな。

ハンズオン。Markdown + LaTeX記法。これで今年度のハンズオンはおしまい。次はLaTeXハンズオンと卒論執筆ハンズオン。例年、一度にまとめてしまって時間が足りなくなるので、今年度は二週に分けることにする(忘れないこと)。

研究室ミーティング。時間がギリギリになってしまった。

講義の録画準備。

来週のスライド作成。

05月29日(水)

昨日しかけて帰ったTeXLive2024のインストール、6時間かかってるんだけど・・・

Installing to: /usr/local/texlive/2024
                        Installing [1/4, time/total: ??:??/??:??]: hyphen-base [23k]
                        Installing [2/4, time/total: 00:00/00:00]: kpathsea [1065k]
                        Installing [3/4, time/total: 00:02/00:04]: texlive-scripts [538k]
                        Installing [4/4, time/total: 00:03/00:04]: texlive.infra [558k]
                        (snip)
                        Installing [4706/4708, time/total: 05:55:38/05:55:40]: zxjafont [173k]
                        Installing [4707/4708, time/total: 05:55:39/05:55:40]: zxjatype [144k]
                        Installing [4708/4708, time/total: 05:55:39/05:55:39]: zztex [147k]
                        Time used for installing the packages: 5:55:39

今日は次世代計算基盤に係る調査研究事業における新計算原理調査研究チームの報告会。

こんな感じ。

13:00-13:05　文科省よりご挨拶 13:05-13:20　全体の概要 天野英晴（慶應チーム） 13:20-14:00　NISQアルゴリズムの最新動向 　　　　　　　柚木清司（理研RQCチーム）

14:00-14:40　量子コンピュータとスパコンの連携 　　　　　　　佐藤三久（理研R-CCSチーム） 14:40-14:50　休憩 14:50-15:30　FTQC最新動向 谷本輝夫（九州大学チーム） 15:30-16:10　量子アニーラの現状 　　　　　　　小松一彦, 百瀬真太郎（東北大・NECチーム） 16:10-16:50　量子コンピュータシミュレータの現状 　　　　　　　近藤正雄 （富士通株式会社、慶應チーム） 16:50-17:00　2024年度の活動 渡辺宙志 （慶應チーム）

大変勉強になりました。常時300人規模の参加者がいて盛況でした。

録画をダウンロードし、Boxにバックアップしてから、Zoomの有料プラン(Zoom Workplaceプロと大規模ミーティング)をキャンセル。明日には継続予定だったのでギリギリだった。

来週月曜日からの講義の準備もまだだし、来週火曜日の発表準備もできていない。自転車操業状態は続く。

講義の録画用にPCをセットアップした。明日確認。

05月28日(火)

数理物理のK-LMSのモジュール公開した。完全に自転車操業。

明日、新計算原理の報告会だ。

Webサーバのmariadbの生存確認スクリプト、crontabで実行したスクリプトが標準出力、標準エラー出力になにか吐いたらメールが飛ぶの知らずに、死ぬほどメールが飛ぶ仕様になってた。しかも毎分確認してたので、メールがrootに12000通とか来てた。とりあえずメールを飛ばさないように修正。

cronで実行しているcertbotもメールを飛ばすが、こちらは一日一回だからいいかな。

JFMのstyleを試そうとしたが、どうもローカルのtexliveが古い？

とりあえず最新にしてみる。

curl -OL http://mirror.ctan.org/systems/texlive/tlnet/install-tl-unx.tar.gz
                        tar xvf install-tl-unx.tar.gz
                        cd install-tl-2*
                        sudo ./install-tl

2時間かかると出てきたな・・・。

05月27日(月)

シミュレーション工学、今学期の最後。なんか今回は時間配分が下手だった気がするなぁ。

しばらくRuby触ってなかったからかなり忘れてる。rbenvも完全に忘れてる。

brew update
                        brew upgrade ruby-build
                        rbenv install 3.3.1
                        rbenv local 3.3.1 
                        gem install ruby-lsp
                        gem install rubocop

そしてVSCodeにRuby LSP拡張を入れる。settings.jsonに

    "rubyLsp.formatter": "rubocop",
                            "[ruby]": {
                                "editor.formatOnSave": true
                            }

を追加。FormatOnSaveがワンテンポ遅れるのが気になる。

Slackの立て替え払い出した。

05月26日(日)

NOP

05月25日(土)

NOP

05月24日(金)

体調が悪い。

05月23日(木)

体調が激悪い。

輪講。

研究室ミーティング。

VMDでDrawing MethodのデフォルトをLinesからVDWに変更する方法。ChatGPTが普通に嘘つくのですごく苦労したが、なんとかできた。以下にまとめておく。

Drawing MethodとしてVDWをデフォルトにする

05月22日(水)

会議。

ずっと懸案だった報告書、担当分書いたぞ。

RBMのGPGPU対応、まだ不具合があったので修正。

05月21日(火)

学校来て、Todoistに詰まったリストを見てのけぞる。

だいぶ片付けたつもりだったんだけどな。積まれる速度の方が早い。

「AIが発展しても勉強しなきゃだめだよ」というポストに対して、ある研究者の「論文はほとんどDeepLで読んでいる」というポストを引用して「プロも英語を勉強していない」とレスしまくってる人がいて、うへぇ、という気持ちになった。

その研究者は「論文の8割はDeepLだけで済む」と書いてるわけだが、じゃ残りの2割は？という話になるし、そもそもDeepLが出してきた英語が正しいかどうかを判定できるだけの語学力がないと使えない。

ただ、なんというか、こういうKSRPのためにサブアカを運用しているっぽくて、自分がやっているのはKSRPであるという認識はあるんだろうなと思う。それでもKSRPしてしまうのであろう。なんだかなぁ。

学生さんの論文をチェック。こういう時間は楽しい。

会議の予定入力。

引き継ぎ資料執筆。思ったより時間がかかり、まだ終わらなかった。

あーもうTODOリストが片付かない！

05月20日(月)

ノート置き場にスピン系のクラスターアルゴリズムについての私的覚書を追加。

参考になった、と言ってくれた人がいたので。後でMarkdownにして、ウェブから読みやすいようにしよう。

mysqldが死んでたら再起動してメールするスクリプトを書いたが、Gmailに拒否られた。大学のアドレスに飛ばした。

うーん、sourceで実行するとうまくいくが、./で実行すると動かない……

いまいち理解できていないが、crontabに「sh スクリプト」と書くことで対応。

あー、いろんなものが進んでないぞ。

05月19日(日)

NOP

05月18日(土)

川島先生還暦記念会＆BBQ。懐かしい面々。皆さんお久しぶりです。

研究室ウェブサイトまた死んだ。死んでいる状態でmysqldにpidofする。

$ /usr/sbin/pidof mysqld;echo $?
                        1
                        
                        $ sudo service mariadb restart
                        
                        $ /usr/sbin/pidof mysqld;echo $?
                        25188
                        0

というわけで、死んでいる状態ならpidofの返り値が1、そうでなければ0となるので、これを使って監視することに。

05月17日(金)

ミーティングいっぱい。メールを書くお仕事も。

ずっとサボっていた keio.jpのメールを普段使うアドレスに転送するように。大事なメールを見逃したので。

最近やたらとElsevierの(投稿したことがない)雑誌からのReview依頼が届く。なんだ？変なリストに入れらたか？

いや、専門に近ければ査読するけど、さすがにpure experimentsは無理。他の人を推薦しておく。

評価書提出。

HPC研究会の建て替え払い請求提出。システムが完全オンラインで済むようになった(押印書類の提出が不要になった)のは大きい。

05月16日(木)

輪講。研究室ミーティング。

ハンズオンはParaView。少しUIが変わっていたから修正しないと。

Adobe ELTAのライセンス来た。助かった。

教授・准教授就任講演の映像公開可否の問い合わせ。准教授就任講演は完全公開にしたんだけど、次はさすがに塾内限定にすることにした。内輪ネタ多めの予定だしね・・・。

05月15日(水)

VMDのアンケート答えてるんだけど、なぜ性別と人種答えないといけないんだろ？ なんか最近海外のアンケートで性別と人種答えさせるのが多いんだけど、なぜだ？

Adobe ELTAのライセンス申請、返事がこないなぁ、と思ったら、メールではなくGoogle Formからの申請だった。慌ててやりなおした。しまったなぁ。

シミュレーション工学のオンデマンド講義動画録画した。

05月14日(火)

ミーティング5件。

そのうち1件で目からウロコ。なるほど。

SciPostの査読返した。OK出すだけ。

05月13日(月)

また忙しくなってきた・・・

生きていくので精一杯。

05月12日(日)

NOP

05月11日(土)

NOP

05月10日(金)

物性研のシステムCでRBMをGPGPUを使って動かそう計画。わりと苦労したが、問い合わせた結果、NVIDIA HPC SDKのCUDA環境はCuPyに対応していないとのこと。生CUDA環境なら大丈夫。

さらに、インストールしたCuPyのバージョンが古く、

• NumPy配列を直接受け取れない関数がある(内部変換してくれない)。
• Heaviside関数が無い。

といった問題があったが、対応したら動いた。GPGPUで滅茶苦茶加速。感動。

今月末の研究会用のZoomの立て替え払い、システム上で申請した。

Slackもやらなきゃと調べたら4/23にやってた。Todoistから消し忘れていた。

一時期滅茶苦茶膨れ上がったTodoistのタスクと、Gmailのトレイにあるメール、かなり削った。コロナになってからタスクが詰まってどうにもなってなかったが、なんとか見通しが立ってきた。ただFSと6月からの講義の内容が手つかず・・・。

メールは130通以上をアーカイブした。単に処理を諦めたとも言う。

シミュレーション工学のコメント返事も書いた。コメントが少なくて悲しい。

川島先生還暦記念イベント用のスライドを送った。

05月09日(木)

GNU makeハンズオン。

研究室ミーティング。

前のRegular Articleなのに8日で査読レポートを返せと言ってきた雑誌、僕は6番目(以降)の査読者なのに何も知らされていない。意見が割れて査読者が追加されたのなら、その旨Editorから説明があるべきだが、過去の履歴を見る限りそんなことはなさそう。しかも、最初に2名査読者がアサインされており、positiveな回答をしているのに、次にReferee 5がアサインされ、それに対する回答がある。Referee 3,4は何をしたのか？なぜReferee 1,2がpositive な回答をしたのにReferee 3,4,5がアサインされたのか、しかも僕が見る限り、査読コメントを返しているRefereeは明らかにシミュレーションに詳しくない(実験家？)。数値シミュレーションの論文なのに、なぜ数値シミュレーションの専門家がアサインされなかったのか、いろいろ謎過ぎる。

いずれにせよ、対応がひどすぎるのでEditorに文句言った。

さて、SciPostの論文、こんな時系列。

• 1月20日にReferee invitation
• 1月22日に査読を引き受けるかどうかのreminder
• 1月23日にまたreminder(ここで引き受けた)
• 2月9日にReportを返した
• 5月3日に著者らの返事。査読しろというinvitation。引き受けるかどうかの返事は2日以内にしろとのこと。
• 5月6日に査読request reminder
• 5月7日に査読を引き受けた
• 5月16日が査読期限(←早くね？)

Letterならともかく、Regular Articleの査読を8日とか10日で返せって結構無茶だと思うんだけど。最近はそうなの？　特にSciPostはガッツリとしたレポートを書くというよりは、短いレポートを何度もやりとりすることが想定されているように見える。その方針はわからんでもないけど、それでちゃんとした査読ができるんかいな。

Python本、読者からコードミスや誤植報告があったのでerrataに追加。GitHub本のリンクを追加。

メールいっぱい処理。

今日はようけ働いた。疲れた。

05月08日(水)

HPC研究会で、東工大すずかけ台キャンパスへ。駅の反対側＋山の上＋トンネル。

PFNの三上裕明さんによる招待講演「大規模言語モデルにおける低精度数値表現」が面白かった。

Git/GitHub本を献本した人のボス？が大学1年の時の同級生である清水君だった。懐かしい。彼は相撲部で、確か当時「シコふんじゃった。」の影響で相撲ブーム(相撲部ブーム？)であり、テレビが東大相撲部の特集をしてて、それで取材されてちょっとした有名人だった。

自動車税払った。

05月07日(火)

料理にわざわざ日本酒を入れてアルコールを飛ばすのは無駄ではないか、という言説を見かけた。料理にアルコールを入れて加熱してアルコールを飛ばす理由について、教科書的な回答としては「共沸効果により臭い消しなどをするため」などがあると思われるが、個人的には「料理に欲しいのは旨味成分などだが、嫌気的環境による発酵過程でアルコールができてしまい、わざわざそれを取り除くのが面倒だし、アルコールのおかげで保存が効くようになるから」という理由だと思っていた。

で、「そういえば味の素のグルタミン酸ナトリウムも発酵で作っているな。副産物のアルコールどうしているんだろ？」と調べてみたら、グルタミン酸発酵はアルコールができないそうだ。

調べたら、この資料が面白かった。

調味料(アミノ酸発酵)と微生物　森永康

そもそもグルタミン酸は生物に必要な物質であるから、作られてしまったら細胞外に出してくれない。なので、最初は塩酸などを用いた抽出法を使っていた(合成法)。しかし、スケールしない問題や、副産物の処理の問題などがあり、発酵を用いた手法が提案される。最初はグルタミン酸の前駆体である2-オクソグルタル酸を作ってからグルタミン酸を作るという二段発酵法ができた。その後、微生物に細胞外にグルタミン酸を作らせる直接発酵法が完成する。このメカニズムが面白い。本来、グルタミン酸は生育に必要であるため、よほど高濃度にならない限り細胞外には排出されない。ところが、ビタミンの一種であるビオチンを制限した環境で生育すると、細胞膜が不完全となるため、グルタミン酸が外に出てしまう。さて、安くグルタミン酸を作るには、安い材料であるサトウキビや甜菜を使いたいが、これらには高濃度にビオチンが含まれるため、このままではうまくいかなない。そこで、細胞壁阻害剤を入れることでグルタミン酸が生産可能になる。要するに細胞壁を不完全にして、せっかく作ったグルタミン酸を外に出してしまえばよいのだから、最初から細胞壁が不完全な株を作ればよいことになる。そこで味の素と東工大が阻害剤無添加かつビオチン含有培地でもグルタミン酸を生産可能な変異株について研究が行われ、結局、グルタミン酸の排出チャネルが壊れていて常時開きっぱなしだからグルタミン酸が外に出てくる、という仕組みが解明された。

原著論文はこれっぽいな。

Mutations of the Corynebacterium glutamicum NCgl1221 Gene, Encoding a Mechanosensitive Channel Homolog, Induce l-Glutamic Acid Production

GWで頭がボケているなか査読が2つ降ってきた上に明日学会の座長とかで混乱している。なにから手をつけてよいかわからない状態。

学会の確認。明日は第194回HPC研究発表会＠東工大ずすかけ台キャンパス。おそらくすずかけ台キャンパスは初めて。朝イチのセッションの座長なのでZoomのセッティング確認もやるらしい。最寄り駅は田園都市線か。前回は電通大で、調布と田園調布を間違えるというミスをしたので、今度は遅刻しないようにしないと。

査読の一つがSciPost。こちらは査読者がオープンな状態での査読(希望すれば匿名にもできる)。

とりあえず査読者によるコメントと返事がこちら。完全オープン。

昔、ちょっと「うーん」と思う雑誌がこの方式を採用していたので、あまり良い印象はなかったのだが、信頼できる知り合いがここに論文をpublishしていたので、まともっぽい。少なくともやたらめったら特集号を計画して論文を投稿しろだのゲストエディタになれだのといったお誘いメールはSciPostから来たことがない。

問題は、「やたらめったら特集号を計画して論文を投稿しろだのゲストエディタになれだのといったお誘いメール」を送ってくる(predatory仕草)が、査読プロセスはオープンな雑誌。判断にこまる。

もう一つの査読、Regular Articleなのに査読受諾から8日でレポート返せって無茶だろ。しかも査読システムに入ろうとしたら、Diversityアンケートとかで性別人種を入力しないと次に進めないという仕様(スキップ不可)。なにこれ？次から査読引き受けるのやめよう。

05月06日(月)

講義準備。懸案だったシミュレーション工学のモンテカルロ法第三回のリプレース完了。

解析力学もなんとかしないといけない。

05月05日(日)

講義準備。

05月04日(土)

GWにつきNOP。

05月03日(金)

GWにつきNOP。

05月02日(木)

LAMMPS+VMDハンズオン。

研究室ミーティング。

05月01日(水)

え、もう五月なの？いろいろ厳しいんだけど。

ChatGPTにことわざの意味を聞いてみた。

「井の中の蛙、大海を知らず」の意味を教えて下さい。
                        
                        
                        「井の中の蛙、大海を知らず」という言葉は、日本のことわざで、字面通りには「井戸の中のカエルは大きな海を知らない」という意味です。このことわざは、狭い世界や限られた経験の中で生きる人が、外の広い世界や多様な経験を知らないことを指摘しています。つまり、自分の知っていることや経験したことだけが全てだと思い込むことの危険性を警告するために使われます。
                        
                        この表現は、自己の視野を広げる重要性を認識し、他人の意見や異なる文化を理解しようとする態度の大切さを教えるためにも引用されることがあります。
                        
                        「井の中の蛙、大海を知らず。されど空の青さを知る」の意味を教えて下さい。
                        
                        「井の中の蛙、大海を知らず。されど空の青さを知る」という言葉は、先ほどのことわざ「井の中の蛙、大海を知らず」に続けて、さらに意味を深めた表現です。このフレーズは、井戸の中のカエルが大きな海を知らないことを指摘しつつも、それでも彼は自分の位置から見える空の青さを知っていると述べています。
                        
                        この追加された部分は、人が自分の限られた環境や経験の中でしか物事を見ていないかもしれないが、それでもその環境や経験が持つ独自の価値や美しさ、教訓を理解し、それを大切にすることができるという点を強調しています。つまり、限られた環境の中にも学びや価値があると認識し、自分の世界を肯定的に見る視点を示しています。このことわざは、狭い世界にいることの欠点だけでなく、その中での学びや発見の可能性をも教えてくれます。

なんかそれっぽい文章を書かせたら完璧だなぁ。

lab_startupの記述が古いのを修正。UbuntuはDockerでまっさらな環境を作ることができるから確認が楽だなぁ。Macで問題が起きると面倒。

講義準備、時間かけたがスライド16枚くらいしか作れなかった。やばい。