MPIプログラムからMPIプログラムをstd::systemで呼び出すと問題を起こす

はじめに

これはMPI Advent Calendar 2017の7日目の記事です。「この辺でもう遠慮しようと思います」とか書いた気がしますがあれは嘘です。

並列コードを書くまでもない自明並列、いわゆる「バカパラ」をしたいときが結構あります。例えば大量のデータを処理したい、多数のフレームのレンダリングをしたい、などです。こんな要望に例えば「バルクジョブ」という形でシステム側で対応してくれているサイトもありますが、単純並列の場合は、MPIのラッパーを書いて、実行したいプログラムをstd::systemで呼び出す、ということをよくやります。

しかし、この子プロセスとして呼び出されるコードが、普通のシリアルプログラムではなく、MPIがリンクされた並列コードだと問題を起こすため、それについて紹介します。サンプルコードは

https://github.com/kaityo256/mpisystem

に置いておきます。

サンプルコード

まず、親プロセス側(呼び出し側)としてこんなコードを書きます。

#include <cstdio>
#include <cstdlib>
#include <mpi.h>

int main(int argc, char **argv) {
  MPI_Init(&argc, &argv);
  std::system("./b.out");
  MPI_Finalize();
}

単にstd::systemでb.outを実行するだけのコードです。

子プロセス側(呼び出され側)としてこんなコードを書いてみます。

#include <cstdio>
#include <mpi.h>

int main(int argc, char **argv) {
  MPI_Init(&argc, &argv);
  printf("Hello World\n");
  MPI_Finalize();
}

何もせず、”Hello World”と表示するだけのコードです。ただしMPI_InitとMPI_Finalizeは呼び出します。

さて、これをコンパイル、実行します。以下はMac上のOpen MPIの場合です。

$ mpicxx a.cpp -o a.out 
$ mpicxx b.cpp -o b.out
$ mpiexec -np 2 ./a.out
Hello World
Hello World # ← ここでプログラム実行が止まり、正常終了しない

一応コードは実行できますが、最後で止まってしまいます。ここでCtrl+Cを押すとSIGSEGVを吐いて異常終了します。

別サイトでIntel MPIで実行してみると、やはり実行はできますが最後に

===================================================================================
=   BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
=   PID XXXX RUNNING AT hostname
=   EXIT CODE: 13
=   CLEANING UP REMAINING PROCESSES
=   YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES
===================================================================================

みたいなエラーを吐いて死にます。

まとめ

MPIプログラムからstd::systemを使って子プロセスを大量に実行する、というのはよくやっていたのですが、子プロセスとしてMPIプログラムを実行すると異常終了する、というのは知らなかったのでシェアしてみました。よく考えると、MPIを多段実行していることになり、MPI_Finalizeがおかしくなるのはわかる気がしますが、実際そう言われるまでは気が付きませんでした。